A Kaprije-i búvárbázison elsősorban hajós merülésekre van lehetőség, ezért a hajó nem nélkülözhető. A bázisnak egy, búvárkodásra kialakított hajó áll a rendelkezésére és nem gumihajó, amin pattogsz miközben a merülő hely felé mész, hanem rendes normál fa hajó.
A hajó 9 személyes és így egyszerre 8 búvár szállítására alkalmas. A hajó búvárkodás céljaira lett tervezve ezért, külön lett kialakítva a búvárpalackok részére készített és rögzítésre alkalmas tároló, amelyre akár összeszerelt felszerelést is fel lehet tenni, az ólomöveknek és az uszonyoknak is külön helyük van a hajón. A naptól egy árnyékoló is védi a búvárokat, de aki szeretne a hajó orrában napozhat is. A hajó nem gyors, hiszen 7 csomós sebességre képes, de alkalmas arra, hogy a búvárokat a környékbeli merülő helyekre szállítson, kényelmesen nyugodt körülmények között. Azonban ha viharos vagy hullámos az idő, akkor is stabilan fekszi a hullámokat. A hajóról a vízbemenetel hátra bukfenccel történik, vagy aki tud, öltözhet a vízben is a kényelmesebb kijövetelkor a búvárokat létra segíti.
A hajós merülések a következőképpen szoktak történni. A hajó reggel kifut a bázis elől, és délelőtt az első merülő helyet felfedezzük, majd egy kis hajózással átmegyünk a másik helyre és ott merülünk másodszor. Míg nem jön ki minden búvár a vízből, azoknak, akik már feljöttek valamint a kísérőknek lehetőségük van fürdésre napozásra. Majd a merülések után, délután megérkezünk a bázishoz.
Mivel a hajó 8 búvárt tud szállítani egyszerre, ezért ha többen vagyunk, akkor két turnusban megy ki a hajó és az egyik csoportban délelőtt a másikban délután, tudnak merülni a búvárok.
A merülő helyek között van kevésbé mélyek a kezdőknek, a tapasztaltabbaknak vannak mély falak, üregek, kisebb barlangok és, aki elég képzett hozzá, annak roncsmerülésre is van lehetősége
Azt, hogy melyik merülő helyre megyünk, befolyásolja az időjárás, és a búvárcsoport képzettsége is, de igyekszünk a lehető legjobbat választani a lehetőségek közül.